Zmiana nastąpiła dopiero po transformacji ustrojowej w 1989 roku. Nowy konkordat podpisano 28 lipca 1993 roku. Po stronie polskiej dokument sygnował minister spraw zagranicznych Krzysztof Skubiszewski, a ze strony Watykanu - nuncjusz apostolski arcybiskup Józef Kowalczyk. Choć sama umowa została zawarta już w latach 90., proces jej ratyfikacji przeciągał się aż do 23 lutego 1998 roku. Wtedy to prezydent Aleksander Kwaśniewski podpisał dokument ratyfikacyjny, który wcześniej zaakceptował także papież Jan Paweł II. Konkordat wszedł w życie 25 kwietnia 1998 roku.
Treść konkordatu zakłada wzajemne uznanie niezależności państwa i Kościoła, przy jednoczesnym umożliwieniu współpracy w dziedzinach takich jak edukacja, kultura i działalność charytatywna. Reguluje również status prawny duchowieństwa, zasady nauczania religii w szkołach publicznych, obecność Kościoła w mediach oraz uznawanie małżeństw zawartych według prawa kanonicznego przez prawo państwowe.
Od momentu jego wprowadzenia dokument budził wiele kontrowersji. Krytycy zarzucają mu np. nadmierny wpływ Kościoła na system edukacji, zwłaszcza obowiązkowe nauczanie religii w szkołach. Zwolennicy natomiast podkreślają, że konkordat daje stabilność prawną i pozwala jasno określić kompetencje oraz prawa każdej ze stron.